В эфире одной из радиостанций Бортко рассказал, что из сериала была вырезана сцена гибели Михаила Берлиоза, которого задавил трамвай. По его словам, были нарушены также условия договора, согласно которому фильм не может подвергаться монтажу без согласования с ним.

В ведомстве пояснили, что телеканал «Россия 1» занялся самоцензурой, когда удалил эпизод с гибелью Берлиоза и «затушевал» обнаженную Маргариту. Немалое удивление у Владимира Бортко вызвал и тот факт, что о решении вырезать из картины целый эпизод ему никто не сообщил. Я, наверное, позвоню и спрошу у своих друзей: «Что ж вы делаете?» — заявил Владимир Бортко. Я имею полное право, более того — я выиграю, наверно, процесс. Этим фильмом они остались довольны и хвалили меня. Но я этого делать не буду. Зачем вы это делаете? «Почему? Я не знаю», — цитирует режиссера vse-o-nas.ru. Канал объяснил правки тем, что фильм транслировался в дневное время.

В телеканале не стали скрывать, что данное проявление является цензурой. «То, что есть в телевизоре — есть в жизни». Здоровье нации для нас превыше всего. «Это контроль над нравственным содержанием контента», — заявлял Бортко. Представитель ведомства заверил, что Роскомнадзор не требовал от телеканала вырезать сцены из «Мастера и Маргариты». Думается, однако, обида не мешает Владимиру Бортко выступать в приятной и почетной роли творца, пострадавшего от притеснений некультурных «Швондеров».